Sono passati quindici anni da un disastro senza precedenti che ha completamente distrutto la civiltà moderna. Un gruppo di bambini vive in una struttura isolata dal mondo esterno. Un giorno una di loro, una ragazza di nome Tokio, riceve un messaggio che le chiede se vuole uscire nel mondo oltre le mura. Mimihime, un'altra ragazza che vive nella stessa struttura, ha una visione e racconta a Tokio che due persone verranno dall'esterno a salvarla, una delle quali ha lo stesso aspetto di Tokio, in seguito la direttrice della scuola rivela a Tokio che il mondo all'esterno è un inferno abitato da creature mostruose (anche conosciute come "hiruko"). Nel mondo esterno, un ragazzo chiamato Maru, che assomiglia proprio a Tokio, viaggia attraverso il devastato Giappone insieme ad una ragazza di nome Kiruko alla ricerca di un posto detto "paradiso".